O recebimento tanto do pagamento para o contratado quanto para a Administração, os quais são de extrema importância, não poderão ser retardados, até sob pena de caracterizar-se crime, na forma do art. 92 da Lei nº 8.666/1993. Sobre a questão específica, penso que a vigência do contrato deve prever e considerar o prazo necessário ao recebimento provisório e definitivo e, o posterior pagamento, pois são efeitos naturais e necessários dos contratos.
Esclareço adicionalmente, porém, que se o contrato já estiver expirado, o recebimento deve ser realizado. Aliás, não faria sentido a Administração não receber o objeto quando há jurisprudência admitindo até a execução fora do prazo, paga por reconhecimento de dívida.
Corrija o vigor nos futuros contratos.
Para maior compreensão, consulte: Sistema de Registro de Preços e Pregão Presencial e Eletrônico. 3. ed. amp., rev. e atual. Belo Horizonte: Fórum, 2009, no Capítulo 8, atinente ao Edital do Sistema de Registro de Preços, no item 2.13. do fornecimento e do recebimento das compras. p. 241-242.