Seu questionamento é muito amplo. Destarte, limitar-me-ei a pinçar os pontos mais importantes. Nesse sentido, em relação à auditoria operacional realizada pelos órgãos de controle interno e externo, colaciono o seguinte comentário do Ministro Luciano Brandão (A Constituição de 1988 e o Tribunal de Contas da União. In: Revista de Informação Legislativa. Brasília, ano 26, nº 102, abr./jun. 1989, p. 175-176): a inclusão, pela primeira vez, do controle operacional – medida altamente louvável – permitirá a avaliação do desempenho da gestão pública, não somente da legalidade, legitimidade e probidade de seus atos, como também da economicidade dos valores aplicados, comparando dispêndios efetivados e resultados colhidos.
A auditoria operacional tem por objetivo o levantamento das atividades de operação de um órgão ou entidade, considerados na sua inteireza, abrangendo o exame econômico-financeiro num sentido analítico. Exemplo disso é a auditoria operacional sobre os contratos de terceirização de um órgão, desde o estágio em que se detectam as necessidades específicas, passando pelo planejamento, pela licitação, assinatura do contrato e a sua execução, em um contexto amplo, permitindo melhor conhecer a realidade administrativa do órgão ou entidade. Busca-se, desse modo, avaliar o conjunto de operações e indicar os procedimentos que devem ser revistos, objetivando o aperfeiçoamento das atividades para a consecução da missão institucional, servindo muito mais à administração que pretenda uma radiografia da sua performance.
Refere-se, portanto, a uma medida de desempenho da entidade, avaliando o custo dos instrumentos de ação em face dos recursos disponíveis. Sob a ótica do controle externo, o constituinte, ao estabelecer a competência do Tribunal de Contas para efetivar o controle, mediante auditoria operacional, resguardou com esse poderoso instrumento, de forma inédita na vida jurídica nacional, a possibilidade de concretização dos princípios da eficiência e da eficácia. Racionalização e qualidade devem ser, pois, palavras de ordem contra o controle burocrático e a mera regularidade da escrituração contábil; a essência sobre a forma. O exame da relação do custo e a verificação de benefícios, numa concepção ética e axiológica de função pública.
A auditoria operacional depende, por certo, do estabelecimento de medidas objetivas dos resultados obtidos, levando à necessidade de construção de indicadores específicos para cada caso. De certa forma, referindo ao caso concreto apontado em seu questionamento, os serviços podem ser aferidos objetivamente, através de pesquisas de satisfação do usuário e a medição da limpeza efetivamente feita, por meio de observação empírica direta por um responsável pelo acompanhamento dos serviços, que pode ser o executor do contrato, cujo acompanhamento poderia servir de elemento informativo para a auditoria.
Além disso, é imprescindível verificar os termos e a forma de cumprimento das obrigações contratuais, da preservação de sua regularidade fiscal e trabalhista, da qualidade dos instrumentos adotados (materiais de limpeza, por exemplo), tudo em consonância com a Instrução Normativa nº 18, de 22 de dezembro de 1997, do MARE. Essa é, inclusive, a norma que deve servir de norte para a auditoria, pois explicita requisitos para a confecção do plano de trabalho, do projeto básico e da composição de preços.
Sugiro que você faça uma correlação do que o contrato obriga e a aferição de seu cumprimento. Por exemplo: frequência do empregado, controle aleatório de presença, material, verificar por pesquisa de opinião, obrigações trabalhistas, apresentação dos comprovantes mais recentes. Com essa linha de ação, será possível obter uma visão ampla da prestação dos serviços, o que permitirá o correto e tempestivo pronunciamento de seu órgão de controle interno, sintetizado em relatório específico onde devem constar as falhas detectadas e eventuais medidas realizadas para a sua correção.