Esclareço que o vale-alimentação não impede que a instituição licite a construção de um restaurante, exigindo do fornecedor, funcionamento 24 horas e que, inclusive, tenha o dever de aceitar o vale-alimentação.
O que não me parece correto, a principio, é que recebam vale-alimentação e a instituição também ofereça alimentação gratuitamente. Nesse caso, haverá cumulação de benefícios com o mesmo intuito, condição em que concordo com o entendimento do órgão administrativo.
Caso resolva licitar restaurante, não deixe de consultar meu livro, onde tenho sugestões a respeito:
Contratação Direta sem Licitação, a partir da 8 ed. amp., rev. e atual. Belo Horizonte: Fórum, 2009.