Se estiver utilizando um sistema eletrônico para Pregão, por exemplo, o sistema não permite uma homologação parcial do certame. Caso esteja utilizando outra modalidade, todavia, entendo ser possível e até recomendável homologar parcialmente o certame, dando seguimento aos lotes em que não há óbice à celebração do contrato.
Em relação à republicação mencionada, como regra geral, as alterações do edital feitas após a publicação do respectivo resumo na imprensa oficial exigem nova publicação de alteração e reabertura de prazo. Conforme destaco no livro Sistema de Registro de Preços e Pregão Presencial Eletrônico – 6ª Edição – Editora Fórum, já decidiu o Tribunal de contas da União que há necessidade de se divulgar qualquer modificação no edital pela mesma forma em que se deu o texto original, reabrindo-se o prazo inicialmente estabelecido, exceto quando, inquestionavelmente, a alteração não afetar a formulação das propostas.
Para aqueles casos em que é permitida a homologação parcial, recomendamos que se efetive a celebração da homologação parcial e, como você propõe, republique o edital ou inicie um novo processo para a adequação dos demais itens, de modo a efetivar a compra e aquisição dos bens.
Para saber mais, consulte o livro: Sistema de Registro de Preços e Pregão Presencial Eletrônico – 6ª Edição – Ed. Fórum