O processo de contas especiais se desenvolve em duas fases: uma interna, instrutória no âmbito administrativo, e outra externa, de julgamento no tribunal de contas.
Geralmente, as prestações de contas dos convênios devem ser entregues em trinta dias após findar a última etapa, conforme redação contida em quase todos os termos de convênio celebrados.
Se o processo de tomada de contas especial já está no tribunal de contas para julgamento, não mais precisa voltar à fase interna, até mesmo por economia processual. Caso o tribunal de contas demande complementação da instrução processual, poderá fazê-lo por intermédio de diligências.
É possível, contudo, fazer o processo retornar à sua fase interna, mas acredita-se que, em termos de eficiência e economicidade, essa opção que deve ser descartada. Ademais, omissão em prestar contas é fato ensejador da irregularidade destas.
Esse e outros exemplos podem ser encontrados no consagrado livro Tomada de Contas Especial: processo e procedimento na Administração Pública e nos Tribunais de Contas, Editora Fórum. A 6ª edição da obra está no prelo, e já pode ser adquirida!