No âmbito federal, a Portaria nº 507, de 24 de novembro de 2011, estabelece as seguintes regras para o pagamento dos convênios:
Art. 52. O convênio deverá ser executado em estrita observância às cláusulas avençadas e às normas pertinentes, inclusive esta Portaria, sendo vedado:
VI – efetuar pagamento em data posterior à vigência do instrumento, salvo se expressamente autorizada pela autoridade competente do concedente e desde que o fato gerador da despesa tenha ocorrido durante a vigência do instrumento pactuado; […]
Art. 54. A liberação de recursos obedecerá ao cronograma de desembolso previsto no Plano de Trabalho e guardará consonância com as metas e fases ou etapas de execução do objeto do instrumento. […]
Art. 64. Os recursos deverão ser mantidos na conta bancária específica do convênio e somente poderão ser utilizados para pagamento de despesas constantes do Plano de Trabalho ou para aplicação no mercado financeiro, nas hipóteses previstas em lei ou nesta Portaria.
§1º Os recursos destinados à execução de contratos de repasse deverão ser mantidos bloqueados em conta específica, somente sendo liberados, na forma ajustada, após verificação da regular execução do objeto pela mandatária, observando-se os seguintes procedimentos:
I – na execução por regime de execução direta, a liberação dos recursos relativos à primeira parcela será antecipada ao convenente na forma do cronograma de desembolso aprovado;
II – a liberação da segunda parcela e seguintes, na hipótese do inciso anterior, fica condicionada à aprovação pelo concedente de relatório de execução com comprovação da aplicação dos recursos da última parcela liberada.
Especificamente no âmbito estadual, a título exemplificativo, no Espírito Santo há o Decreto nº 1.242-R, de 21 de novembro de 2003, que dispõe:
Art. 5º. Os recursos correspondentes a cada convênio poderão ser liberados de uma só vez, quando assim o recomendarem razões técnicas e de economicidade, mas, em regra, a liberação deve ocorrer em parcelas.
Dessa forma, em relação ao momento do pagamento, como o Decreto Estadual é omisso, deverá ser aplicada a regra da Legislação Federal. Assim, verifica-se uma grave irregularidade na execução do convênio, o que poderá acarretar a responsabilidade da Secretaria de Estado de Educação. Essa deveria, considerando a extensa duração do convênio, ter realizado acompanhamento periódico, exigindo prestação de contas periódicas. Sugire-se solicitar a abertura de procedimento de maneira que se apure a responsabilidade pelo atraso no pagamento, de forma a mitigar a responsabilidade da Secretaria do Estado.