A princípio, não vejo obstáculo. Acredito, no entanto, que devem ser observadas algumas condições: os créditos envolvidos devem ser líquidos, vale dizer, exigíveis e de valor certo, e não podem deixar de observar o que determina o art. 5º da Lei nº 8.666, de 21 de junho de 1993, ou seja, atender, para cada fonte diferenciada de recursos, a estrita ordem cronológica das datas de suas exigibilidades, salvo quando presentes relevantes razões de interesse público e mediante prévia justificativa da autoridade competente, devidamente publicada. Acresço como fundamentação o art. 54 da Lei 8.666/93 que trata da interpretação dos artigos 368 a 380 do Código Civil Brasileiro (Lei no 10.406, de 10 de janeiro de 2002) que cuida da compensação de créditos.