Entendo que ou se abre prazo para a empresa que teve a proposta desclassificada regularizá-la, nos termos do art. 48, § 3º, ou reabre-se a licitação desde o início. Não é possível retornar a licitação a fases distintas para duas empresas, uma para habilitação e outra pra classificação. Nesse sentido, o TCU já decidiu que: “…se todos foram inabilitados, abre-se prazo para apresentação de novos documentos; se houve a rejeição de todas as propostas, já depois da habilitação, abre-se novo prazo apenas para o saneamento das propostas rejeitadas.” Fonte: TCU. Processo nº 009.097/95-3. Decisão nº 085/1998 – Plenário. Assim, entendo que não é possível a situação colocada pelo seu questionamento, pois significaria reabrir a mesma licitação em duas fases distintas, simultaneamente. Você pode, porém, aplicar o art. 48 § 3º à empresa desclassificada, ainda que seja apenas uma, como também pode reiniciar a licitação desde o início com a publicação do edital. Não há lei ou jurisprudência vedando a aplicação de regra quando se trata de uma só empresa.